El campo de la proteómica consta de una amplia gama de metodología, que ha sido impulsada en gran medida por el desarrollo moderno de la tecnología involucrada. El comienzo de la investigación proteómica se inició debido a desarrollos paralelos en cuatro áreas: (a) electroforesis en gel bidimensional (2D-PAGE), (b) métodos de espectrometría de masas, (c)Sigue leyendo «BOTTOM-UP PROTEOMICS: VENTAJAS, INCONVENIENTES Y FUTURO DE ESTE CAMPO»
Archivo de categoría: PROTEÓMICA
Análisis robusto, reproducible y cuantitativo de miles de proteomas por LC-MS/MS de flujo micro
La cromatografía líquida de nano-flujo ha sido el pilar en la investigación de proteomas durante más de 20 años, principalmente porque los flujos bajos mejoran la ionización de péptidos por electrospray (ESI) por espectrometría de masas (MS) y, por lo tanto, la sensibilidad. Sin embargo, esto tiene como inconveniente el desafío de fabricar columnas reproduciblesSigue leyendo «Análisis robusto, reproducible y cuantitativo de miles de proteomas por LC-MS/MS de flujo micro»
GUÍA PARA PRINCIPIANTES
Las recientes publicaciones [1],[2] en las que se resumen fundamentos y estrategias de los conceptos básicos de proteómica basada en espectrometría de masas, nos han hecho recapitular y revisar un poco los recursos y lecturas de interés para aquellos que se inicien en este mundo de la proteómica. Por ello hacemos una revisión de nuestrasSigue leyendo «GUÍA PARA PRINCIPIANTES»
LA ESPECTROMETRÍA DE MOVILIDAD IÓNICA
La movilidad iónica es una técnica analítica que, aunque no es novedosa (Karasek y Cohen, 1970), ha estado cogiendo fuerza en los últimos años como una dimensión extra en la separación iónica en conjunto con la espectrometría de masas (IMS – Ion Mobility Spectrometry). Esta técnica consiste en la separación de iones a lo largoSigue leyendo «LA ESPECTROMETRÍA DE MOVILIDAD IÓNICA»
¿Existe el protocolo perfecto?
Algo en lo que insistimos en nuestros cursos de formación y que muchos alumnos nos preguntan es por la preparación de las muestras. Los más veteranos ya sabréis la respuesta. No, no existe un protocolo perfecto o universal que funcione bien para todo tipo de muestras. Las condiciones óptimas de preparación deben ser determinadas empíricamenteSigue leyendo «¿Existe el protocolo perfecto?»
Clinical classifiers of COVID-19 infection from novel ultra-high-throughput proteomics
SUMMARY The COVID-19 pandemic is an unprecedented global challenge. Highly variable in its presentation, spread and clinical outcome, novel point-of-care diagnostic classifiers are urgently required. Here, we describe a set of COVID-19 clinical classifiers discovered using a newly designed low-cost high throughput mass spectrometry-based platform. Introducing a new sample preparation pipeline coupled with short-gradient high-flowSigue leyendo «Clinical classifiers of COVID-19 infection from novel ultra-high-throughput proteomics»
SWATH-MS®
SWATH-MS® (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Mass Spectra) Es un método de adquisición que genera mapas de proteínas globales y cuantitativas utilizando la combinación de la adquisición de datos independientes (DIA) y el análisis de datos específicos, de esta forma, aumenta enormemente el rendimiento de identificación/cuantificación de péptidos en comparación con elSigue leyendo «SWATH-MS®»
Comparing SRM and SWATH Methods for Quantitation of Bovine Muscle Proteomes
ABSTRACT Mass spectrometry (MS) has become essential for efficient and accurate quantification of proteins and proteomes and, thus, a key technology throughout all biosciences. However, validated MS methods are still scarce for meat quality research applications. The objective of this work was to develop and compare two targeted proteomic methods, namely, selected reaction monitoring (SRM)Sigue leyendo «Comparing SRM and SWATH Methods for Quantitation of Bovine Muscle Proteomes»
A Co-registration Pipeline for Multimodal MALDI and Confocal Imaging Analysis of Stem Cell Colonies
ABSTRACT Multimodal mass spectrometry imaging (MSI) data presents unique big data challenges in handling and analysis. Here, we present a pipeline for co-registering matrix-assisted laser desorption/ionization MSI and confocal immunofluorescence imaging data for extracting single-cell metabolite signatures. We further describe methods and introduce software for the simultaneous analysis of these concatenated data sets, which areSigue leyendo «A Co-registration Pipeline for Multimodal MALDI and Confocal Imaging Analysis of Stem Cell Colonies»
SERVICIOS DE APOYO A LA INVESTIGACIÓN 