Buscando una revisión sobre protocolos para el análisis multiómico (MPLEx), encontramos está revisión que presenta un enfoque simple, eficiente y unificado para preparar lípidos, metabolitos y proteínas para el análisis por espectrometría de masas (MS).
Por regla general, uno de los principales inconvenientes de los métodos MPLEx es el largo proceso de preparación de la muestra que implica la extracción de metabolitos y lípidos con disolventes orgánicos, la precipitación y la digestión durante la noche de las proteínas. Estos procesos son dispares y laboriosos.
La aproximación BAMM (Bead-enabled Accelerated Monophasic Multi-omics) que proponen Muelhlbauer, L. et al, parece una gran alternativa:
MÉTODOS DE EXTRACCIÓN:
Existe una gran diversidad de metodologías de extracción porque los tejidos biológicos no son similares al considerar su estructura, textura, sensibilidades y contenido molecular. Extraer el material de interés sin perder parte del mismo es un desafío complejo. Por lo general, los metabolitos y los lípidos se extraen con los sistemas de disolventes bifásico Matyash (MTBE) o Folch/Bligh-Dyer (CHCl3/MeOH/Agua) que requieren de numerosos pasos de pipeteo cuidadosos, vórtices, incubaciones y centrifugaciones. La fracción proteica se lava, se seca y se re-solubiliza. Este último paso puede ser difícil y requiere sonicación u otros métodos que faciliten su disolución.
Posterior digestión durante la noche seguida de un proceso de desalinización.
Más información: http://cyberlipid.gerli.com/techniques-of-analysis/extraction-handling-of-extracts/
Gonzalez-Gomez, L. et al Foods 2021, 10(7), 1557
FLUJO DE TRABAJO BAMM:
Flujo de trabajo para el método de preparación BAMM y comparación con flujos de trabajo publicados. (a) Para realizar el flujo de trabajo BAMM, primero se agregan a la muestra un solvente monofásico a base de n butanol y perlas magnéticas (1). Después de un breve vórtice, la muestra se incuba en hielo durante 5 minutos (2). A continuación, se eliminan los metabolitos y lípidos no unidos (3) y la proteína se digiere durante 40 min a 60 °C (4). Los metabolitos, lípidos y péptidos se preparan para el análisis (5-6). Comparación del número estimado de pasos (b) y horas (c) necesarios para preparar metabolitos, lípidos y proteínas con el método BAMM y varios métodos publicados.
CONCLUSIONES:
- BAMM combina extracción monofásica a base de n-butanol con tecnología de
perlas paramagnéticas, acelerando la extracción de moléculas y la digestión de
proteínas. - Datos multiómicos de calidad.
- Reducción del tiempo de preparación para el análisis por MS.
- Susceptible de automatización.
- BAMM se ha optimizado para LCMS, debería adaptarse a otros métodos como GC-MS o
Infusión directa. - Beneficioso para aplicaciones en las que el tiempo de respuesta es una consideración
importante. - Amplificar los beneficios combinándolo con métodos como MOST (Multi-Omics Single-shot
technology).
CONSEJO:
- Elige tu método de preparación de muestra en función de su naturaleza, la técnica analítica y el objetivo de estudio.
- Si el interés del estudio se centra en un tipo específico de molécula o analito, los métodos MPLEx quizá no sean los adecuados o habría que introducir modificaciones de disolventes.
- RECUERDA: No existe un protocolo perfecto o universal que funcione bien para todo tipo de muestra.
AUTOR
Gemma Barroso García, MSc.
Responsble SAI-Proteómica.
Hospital Nacional de Parapléjicos.
Toledo, España.
Referencias:
Muehlbauer, L.K., et al (2023) https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.2c02042
Él Y, Rashan EH, Linke V, et al. (2021) DOI: 10.1021/acs.analchem.0c04764.
Nakayasu ES, et al (2016) doi: 10.1128/mSystems.00043-16
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