SWATH-MS®

SWATH-MS® (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Mass Spectra)

Es un método de adquisición que genera mapas de proteínas globales y cuantitativas utilizando la combinación de la adquisición de datos independientes (DIA) y el análisis de datos específicos, de esta forma, aumenta enormemente el rendimiento de identificación/cuantificación de péptidos en comparación con el ya conocido SRM.

Antes de nada, un pequeño repaso de algunos términos:

DDA (Data-Dependent Adquisition): También conocido como “shotgun proteomics”. Técnica llevada a cabo en espectrómetros tipo triple cuadrupolo (QqQ), de baja resolución; o en espectrómetros de alta resolución tipo Orbitrap, TripleTOF, QqTOF o MALDI-TOF/TOF. Todos los péptidos dentro de un cierto intervalo de masas son fragmentados.

En esta técnica se necesita de información previa para que el espectrómetro de masas seleccione los iones precursores más intensos y los fragmente.

Técnica con un número de iones precursor a fragmentar limitado dependiente de cada equipo.

DIA (Data-Independent Adquisition): Todos los iones dentro de un intervalo de masa (m/z) son fragmentados y analizados. Técnica llevada a cabo en espectrómetros de masas de alta resolución con analizadores tipo Orbitrap, TripleTOF o QqTOF.

Técnica donde no es necesario conocer de antemano ninguna información.

SRM/MRM (Selected Reaction Monitoring/Multiple Reaction Monitoring): También conocido como “targeted proteomics”. Técnica llevada a cabo en espectrómetros de masas con analizadores de tipo triple cuadrupolo (QqQ), donde un ión de una masa particular es seleccionado en el primer cuadrupolo, fragmentado en el segundo cuadrupolo y uno de los productos de fragmentación es filtrado en el tercer cuadrupolo.

Técnica donde es necesario conocer la información del ion precursor y el ion fragmento a seleccionar de antemano.

Cada modo de adquisición tiene sus ventajas y desventajas. Dependiendo del tipo de muestra o tipo de experimento a llevar a cabo convendrá uno u otro.

Pero la tendencia en los últimos años en proteómica es ir hacia análisis tipo DIA o SWATH donde la cobertura en adquisición y precisión es inmensamente favorable.

En este esquema se muestra gráficamente la cobertura de cada metodología, siendo el análisis SWATH-MS el más amplio con diferencia.

Previo al análisis SWATH es necesaria la creación de una librería de datos (cuanto más completa mejor) con la que se comparan los datos adquiridos en modo SWATH. Esta adquisición tiene la gran ventaja de que podrá ser utilizada para realizar una cuantificación además de poder ser revisada para distintas proteínas en un futuro sin la necesidad de re-analizar la muestra.

Aquí os dejamos un vídeo de SCIEX, creador de esta nueva tecnología: