Trainable Weka segmentation. Un plugin de machine learning para FIJI

En este primer artículo del SMAI dentro de la Newsletter de los SAIs queremos hablaros de una posibilidad probablemente desconocida para la muchos de vosotros, que es el uso con FIJI de machine learning para el análisis de vuestras imágenes.

Como sabéis, una de las partes fundamentales  en el análisis de imagen es distinguir los objetos o regiones de interés de nuestras imágenes para poder hacer mediciones sobre ellos. Este proceso se conoce como segmentación de la imagen, en el que clasificamos los píxeles de la imagen en distintas categorías para su posterior estudio. Existen distintas formas de abordar esta segmentación. Una de las más comunes es utilizar un umbral de intensidad para separar lo que consideramos señal positiva del resto. Este es un sistema que funciona bastante bien en determinados tipos de imágenes (como las de fluorescencia) pero que en otras ocasiones (imágenes de campo claro, contraste de fases, etc.) es difícil de aplicar. Aun así, en estos casos suele ser sencillo para nosotros distinguir los distintos objetos de interés al observar las muestras, pero el problema está en conseguir decirle a nuestro programa de análisis cómo separarlos del resto. Aquí es donde viene en nuestra ayuda el plugin Trainable Weka segmentation.

Este plugin nos permite de una manera relativamente sencilla dibujar sobre las imágenes a analizar e indicarle a la máquina la categoría a la que pertenecen esos píxeles sobre los que hemos dibujado. Con esta información la máquina puede empezar a aprender a diferenciar los distintos objetos que hay en la imagen. Por supuesto, los resultados que nos dé se pueden depurar hasta obtener una segmentación adecuada.

Esta es una herramienta muy potente que nosotros ya hemos usado con éxito para identificar automáticamente el área de lesión en vídeos en los que se ha usado el modelo de scratch wound healing.

Aquí tenéis el enlace a la página web del plugin:

https://imagej.net/Trainable_Weka_Segmentation

Y aquí un vídeo donde muestran de una manera muy sencilla su funcionamiento (la explicación comienza alrededor del minuto 70 del vídeo y dura unos 12 minutos):

La entrada del foro a la que hacen mención en el vídeo es esta:

https://forum.image.sc/t/analysis-of-aggregates/303

Y aquí tenéis un par de vídeos más donde trabajan en otros tipos de imágenes:

Esperamos que os haya resultado interesante. Si queréis saber más, no dudéis en preguntarnos.